近年来，各地政府、行政机关均对行政指导进行了一定探索并越来越多的在行政执法工作中实践。检验检疫部门也不例外，多年来已在检验检疫监管工作中，包括行政处罚工作中运用到行政指导工作方式，也得到了很多行政相对人和上级政府部门的肯定。然而，作为新兴行政管理方式，行政指导工作在取得成果的同时也逐渐暴露出一些问题，其中较为突出问题的是：一些基层执法人员对行政指导与行政处罚融合的正当性存有疑问，认为二者是相互冲突和对立的两个范畴，从而制约了行政指导在日常监管工作的运用和效能。由于行政处罚贯穿于行政立法、行政执法、行政复议和行政诉讼等各项制度之中，客观上成了衡量我国行政法制完善程度的重要实践尺度，也是检验检疫部门考量行政执法成效的重要指标之一。
因此，笔者认为，要实现行政指导工作的日常化、长效化，就不能忽视行政处罚这一检验检疫部门的常用执法手段。同时，在行政处罚的实施过程中引入行政指导手段，实现二者的结合运用，对提高检验检疫执法水平，建设法治质检有着积极的推动作用。
一、检验检疫行政指导与行政处罚的关系
检验检疫行政指导，是指检验检疫部门在其职能、职责或管辖事务范围内，为适应监管和服务的需要，适时灵活地采取符合法律精神、原则的指导、劝告、建议等不具有国家强制力的方法，以谋求行政相对人同意，有效地实现一定行政目的之行为。
检验检疫行政处罚，是检验检疫部门为达到对违法者予以惩戒，促使其以后不再犯，维护检验检疫秩序，依法对行政相对人违反检验检疫法律法规但尚未构成犯罪的行为，给予一定形式的法律制裁的行政行为。
检验检疫行政指导与行政处罚属于不一样的行政法学范畴，存在着诸多的区别和联系。
（一）两者的区别主要表现在以下五个方面：
1.实施依据不同。行政处罚，其适用的首要内涵即要求处罚的依据法定，即实施行政处罚必须有法律、法规和规章的明文规定，具体到检验检疫部门主要是“四法五条例”。检验检疫行政指导行为的依据可分为规范性依据和非规范性依据。其中，规范性依据是指具有行政指导行为内容的明确的法律规范和政策规定。如《中华人民共和国进出口商品检验法》第13条规定：“本法规定必须经商检机构检验的进口商品以外的进口商品的收货人，发现进口商品质量不合格或者残损短缺，需要由商检机构出证索赔的，应当向商检机构申请检验出证。”；《中华人民共和国食品安全法》第9条规定：“国家鼓励和支持开展与食品有关的基础研究和应用研究，鼓励和支持食品生产经营者为提高食品安全水平采用先进技术和先进管理规范。”非规范性依据是指不具有行政指导行为内容的法律原则、客观情况和行政相对人的需求等，如某检验检疫部门根据企业需求上门指导实验室建设。
2.适用范围不同。相较而言，检验检疫行政指导适用范围较宽。从对象上看，行政指导的对象包括与检验检疫职能范围相对应的所有行政相对人，而行政处罚仅指向违反检验检疫法律法规应当受到制裁的行政相对人；从内容上看，行政指导的事项十分广泛，基本上涵盖了检验检疫职能范围内的所有事项，在违法行为发生前、发生后及处置后均可以有所作为，而行政处罚则仅限定在违法行为发生后惩治和纠错方面。